Erstmals urkundlich erwähnt wurde Hohenstaufen im Jahr 1206.
Seine Entstehung geht auf den Wirtschaftshof der Burg Hohenstaufen zurück, wodurch der Ort besondere Privilegien als Reichsdorf genoss.
Am 1. August 1971 trat Hohenstaufen ein Gebiet mit knapp 150 Einwohnern an Ottenbach ab.
Einen Monat später wurde das verbleibende Gemeindegebiet in die Kreisstadt Göppingen eingegliedert.
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